Questo romanzo racconta la tragica vicenda della Shoah, vista, però, con gli occhi di un bambino. La storia è caratteristica anche per il fatto che il nome del campo di concentramento dov'è ambientata viene storpiato e chiamato Auscit, proprio per indicare la volontà di smorzare quella sofferenza e quel profondo dolore che il nome originario di Aushwitz evoca.

Il libro narra la storia di Bruno, nato da una famiglia tipicamente ariana e con ideologie naziste; il padre stesso è un ufficiale delle SS, e fortemente seguace della politica hitleriana. Un giorno, lui e la sua famiglia dovettero affrontare il trasferimento dalla casa di Berlino a un'altra dimora nei pressi del campo di Auscit, proprio per seguire le istruzioni dello stesso 'Fuhrer'. Fin da subito, anche il piccolo Bruno si rende conto che qualcosa è cambiato, persino la casa in cui si trovano adesso non ha niente a che vedere con quella vecchia di Berlino, in cui l'ambiente era più sereno e lui poteva godere della spensieratezza della sua infanzia, soprattutto dedicandosi a quello che lui chiamava il "gioco dell'esploratore", fantasticando tra le mura di casa. Una volta giunto ad Auscit, Bruno non perde quell'indole tipica di un bambino della sua età, ma è spesso turbato dall'ambiente che lo circonda. Si trova, infatti, a dover affrontare il via vai di soldati e ufficiali che ogni giorno giungono a disturbare la tranquillità della vita famigliare, i maltrattamenti del padre riservati agli Ebrei che lavorano nella loro casa come servi. Il bambino inizia così a fare domande ai genitori, per capire il significato di quei comportamenti, e soprattutto per cercare di comprendere quelle persone, i servi, che sembrano "diversi": tutti vestiti allo stesso modo, con un'uniforme a righe, i capelli rasati, e quell'aria di rassegnazione sempre stampata sul volto. Dalla finestra della sua camera, Bruno diventa sempre più curioso nei confronti di quel mondo che vede all'esterno, oltre il giardino di quella casa, in cui si vede l'inizio di quel filo spinato che circonda tutto il campo di Auscit, racchiudendo baracche, ciminiere, vita e morte. Il ragazzino decide di prendere in mano le vecchie abitudini di quando viveva ancora a Berlino, e ritorna a giocare "all'esploratore" , e fu proprio in una di quelle occasioni che scopre un passaggio nel retro del giardino. Spinto dalla curiosità, decide di oltrepassare quel cancello, imboccando una strada che lo porta alla recinzione di Auscit.

Sempre più incuriosito, si avvicina al campo e vede la figura di una persona, di un bambino: Shmuel;
stessa età di Bruno, stessi sogni, ma con una cosa che li contraddistingue, lui è ebreo, e per questo è destinato rimanere prigioniero ad Auscit, uguale a tutti gli altri deportati: pigiama a righe, capelli rasati e berretto di tela in testa. Da quel momento, ogni giorno, Bruno andrà a trovare quell'amico, senza potere giocare con lui per colpa dell'immensa rete di filo spinato che li separa, ma uniti da un'amicizia che va oltre le discriminazioni. La storia procede finchè un giorno Bruno decide di oltrepassare quella rete per raggiungere Shmuel ed aiutarlo a ritrovare il padre. Il bambino si dirige, così, inconsciamente, verso la morte. Travestitosi con pigiama a righe e berretto, verrà infatti scambiato per un ebreo, e portato nei forni crematori, proprio quelli che tanto entusiasmavano il padre. Bruno e Shmuel: di origini apparentemente diverse, ma uniti dallo stesso destino.

Da questo libro, nel 2008, ha preso spunto il regista Marc Hermann per la realizzazione del famosissimo film "il bambino con il pigiama a righe".